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Grippe aviaire Anticiper les risques de pandémie, identifier les médicaments potentiels les mieux adaptés aux mutations éventuelles du virus de la grippe aviaire, tels sont les objectifs du deuxième déploiement à très grande échelle de calculs de biochimie sur grille informatique qui ont démarré depuis deux semaines sur les grilles informatiques des projets Auvergrid et EGEE. Les grilles informatiques constituent la méthode la plus rapide et la moins coûteuse pour sélectionner des médicaments potentiels pouvant être synthétisés par l’industrie chimique. La preuve en a été donnée par une première initiative lancée par une collaboration de laboratoires européens et asiatiques au printemps 2006 dont le but était de trouver de nouvelles molécules pouvant inhiber l’action d’une enzyme à la surface du virus responsable de la grippe aviaire, la neuraminidase de type N1, et d’étudier l’impact des mutations de cette enzyme sur l’efficacité des médicaments actuels. Cette enzyme qui aide le virus à proliférer et à infecter d’autres cellules, est connue pour subir des mutations sous la pression des médicaments, ce qui pose le problème du développement de résistance en cas de pandémie. L’objectif des recherches in silico est d’identifier les molécules qui peuvent s’accrocher sur les sites actifs du virus pour l’empêcher d’agir. Pour étudier l’impact de petites mutations sur l’efficacité des médicaments, un grand nombre de molécules sont testées sur des structures légèrement modifiées de la neuraminidase N1. Les résultats obtenus permettent de déterminer quelles molécules vont s’accrocher aussi efficacement sur les neuraminidases modifiées. C’est ainsi que 300.000 molécules ont été testées au printemps 2006. Ces tests ont montré que certaines mutations affectent considérablement l’efficacité des médicaments actuels comme le Tamiflu. Environ 200 parmi ces 300.000 molécules ont été sélectionnées pour leur activité potentielle comme médicament et font l’objet de tests approfondis en Corée. En parallèle, ce sont plus de 500.000 autres molécules issues de bibliothèques asiatiques qui font l’objet d’une nouvelle étude à grande échelle sur la grille depuis le 15 septembre 2007. Cette fois, le travail se concentre sur les mutations qui ont le plus d’impact. Cette entreprise mobilise de nombreux partenaires en Europe et en Asie. Les ingénieurs de l’Institut des Grilles et de l’IN2P3 du CNRS au Laboratoire de Physique Corpusculaire de Clermont-Ferrand coordonnent la plupart des déploiements sur la grille EGEE et la grille régionale Auvergrid en s’appuyant sur le savoir-faire acquis au cours des deux dernières dans le précédent déploiement sur la grippe aviaire EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688
et dans le cadre de l’initiative WISDOM de recherche de nouveaux
médicaments contre la malaria.
Ce projet s’incrit dans une collaboration entre les laboratoires suivants :
Genomics Research Center, Academia Sinica, Taiwan; Academia
Sinica Grid Computing Team, Taiwan; National Grid, Singapore; Korea
Institute of Science and Technology Information, Korea; Corpuscular
Physics Laboratory of Clermont-Ferrand, CNRS/IN2P3, France;
Institute for Biomedical Technologies, CNR, Italy, Shanghai Institute of
Materia Medica, China, in collaboration with the EGEE project, the
AuverGrid regional grid in Auvergne, EUChinaGRID and TWGrid
infrastructures. This work was also supported by the EMBRACE
network of excellence and the BioInfoGrid project.
Note to Editors:

1. To speed-up and reduce the cost to develop new drugs, researchers
use in silico docking algorithms to compute the probability that potential drugs will dock with a target protein. In silico drug screening can thus accelerate the discovery of novel potent inhibitors by minimising the non-productive trial-and-error approach in a laboratory. 2. For more information on the drug discovery application against the avian flu virus, please contact Ying-Ta Wu (GRC, Academia Sinica), email: ywu@gate.sinica.edu.tw 3. For more information about WISDOM (wide in silico docking against malaria), please visit: http://wisdom.eu-egee.fr/ or contact Vincent Breton (CNRS/IN2P3), email: breton@clermont.in2p3.fr. 4. For more information about the end-user environment for large-scale drug analysis, please visit: http://www.twgrid.org/Application/Bioinformatics/AvainFlu-GAP or contact Hurng-Chun Lee (ASGC), email: hclee@twgrid.org 5. For more information about the Enabling Grids for E-sciencE (EGEE) project please see http://www.eu-egee.org/ or contact Sarah Nolan (CERN), EGEE External Relations Officer, telephone: +41 22 767 4176 or email: hannelore.hammerle@cern.ch 6. For more information on the Corpuscular Physics Laboratory of Clermont-Ferrand, CNRS/IN2P3 please see http://clrwww.in2p3.fr/ 7. For more information on the Genomics Research Center of Academia Sinica, Taiwan, please see http://www.genomics.sinica.edu.tw/ 8. For more information on the Academia Sinica Grid Computing Team (ASGC), Taiwan, please see http://www.twgrid.org/ 9. For more information on the Institute for Biomedical Technologies, CNR, Italy, please see http://www.itb.cnr.it/ 10. For more information on the AuverGrid please see 11. For more information on EMBRACE, please see EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688
12. For more information on the Bioinformatics Grid Application for life science (BioinfoGRID) project, please see http://www.itb.cnr.it/bioinfogrid EGEE-II is a project funded by the European Commission - contract number INFSO-RI-031688

Source: http://www.in2p3.fr/recherche/nouvelles_scientifiques/archives/2007/media_2007/collab_fr_egee.pdf